L’unité pilote d’aquaculture marine de Monastir s’occupe de plusieurs missions dans le cadre d’autocontrôle des projets d’aquaculture marine, aquaculture continentale, crevetticulture et des projets de conchyliculture et ceci grâce aux analyses effectuées au sein de ces 5 laboratoires qui sont :
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Laboratoire du milieu marin:
ce laboratoire permet le suivi environnemental des sites aquacoles qui a pour but le contrôle régulier de tout type d’eau et sédiment ainsi il contribue à des missions d’autosurveillance des fermes aquacoles. Plusieurs analyses sont effectuée au niveau de ce laboratoire à savoir la mesure des paramètres physiques de l’eau (Salinité, pH, Température, oxygène dissous,..), la mesure des paramètres chimiques de l’eau (nitrates, nitrite, sulfate, ammonium, phosphate, Calcium, Magnésium…), la mesure des indicateurs de pollution chimique (DCO, DBO5, Matière en suspension…) la recherche des métaux lourds connus pour être dangereux pour l’écosystème marin (Cadmium, Chrome, Cuivre, Fer, Nickel, Plomb, Zinc,…). L’évaluation de la qualité des sédiments se fait par mesure du taux de matières organique et de matières sèches, la granulométrie.
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Un laboratoire des nouvelles technologies aquacoles :
ce laboratoire a pour objectif le suivi de toute nouvelle technologie dans les élevages aquacole à savoir le suivi des nouvelles espèces introduites et les nouveaux aliments introduits dans la nutrition aquacole, le contrôle de tout type d’alimentation des espèces aquacoles par caractérisation de sa composition en protéines, lipides, oligoéléments, taux d’humidité et le taux du cendre, la réalisation des essais de nouveaux traitements parasitaire…
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Un laboratoire de de surveillance des maladies virales des espèces d’aquaculture:
le contrôle des pathologies virales est parmi les principales missions du CTA. Cette tâche est réalisée grâce aux analyses moléculaires par la PCR en temps réel permettant non seulement la recherche des virus chez les poissons mais aussi de déterminer la charge virale qui renseigne sur la gravité de l’infection virale et les mesures à prendre sur terrain après la détermination du seuil viral.
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Un laboratoire de surveillance des maladies bactérienne des espèces d’aquaculture :
les maladies bactériennes constituent un défi pour les aquaculteurs surtout pour la conduite à tenir après l’identification des bactéries pathogènes, c’est pour cela que le CTA se trouve avancé dans ce type d’analyses grâce aux méthodes normalisées selon les références internationales permettant un diagnostic rapide de la maladie et un traitement efficace sans risque d’échec thérapeutique. Ce laboratoire effectue les analyses microbiologiques selon deux méthodes de référence (biochimique par API et moléculaire par PCR en temps réel).
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Un laboratoire de surveillance des maladies parasitaires des espèces d’aquaculture :
le suivi et le contrôle des parasites s’effectue dans ce laboratoire grâce aux méthodes de détection rapide qui sont l’examen direct de l’échantillon (externe et interne) et l’observation microscopique. Ainsi, ce laboratoire se trouve très avancé pour l’identification des parasitoses des poissons d’élevage grâce aux compétences du personnel et aux technique d’isolement et de fixation des parasites permettant une meilleure conduite de l’élevage aquacole dans les mesures de traitement et de prophylaxie.
  
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